O problema nesse caso é similar ao conceito de Pensamento Crítico: as palavras possuem significados diferentes na linguagem comum e na científica. No dia-a-dia a palavra teoria pode ser usada para representar uma suposição, ou seja, algo especulativo e sem demonstração experimental. Já para as Ciências experimentais como química e biologia afirmações ou opinião feitos sem experimentos que obedeçam às normas do Método Científico são chamados de hipóteses!

Watson e Holmes formulando HIPÓTESES!

O filme de Sherlock Holmes lançado em 2009 pelo ótimo Guy Ritchie contém um diálogo  que serve como exemplo de como deve funcionar a produção científica (tradução livre).

Enquanto andam pelas ruas, Dr. Watson, o parceiro de Holmes, conversa com o famoso detetive sobre alguns acontecimentos bizarros que havia presenciado durante sua participação na guerra:

Watson:
- Sabe, presenciei coisas na guerra que não pude explicar. Uma vez ouvi um homem prever acertadamente sua morte do número de balas ao local dos buracos de bala que o mataram. Você tem que admitir que uma explicação sobrenatural é possível ao menos em teoria.

Holmes então responde:
- Nunca teorize antes de ter dados. Invariavelmente você terminará distorcendo fatos para se encaixarem à teoria, ao invés de fazer com que as teorias sirvam aos fatos.

Uma hipótese é o ponto de partida para as teorias científicas e precisa de comprovações experimentais constantes que obedeçam ao Método Científico.

As hipóteses são perguntas ou suposições que orientam uma investigação com o objetivo de explicar um fato e prever suas consequências. Já as teorias são afirmações que sobrevivem ao tempo com apoio de uma grande quantidade de evidências, sendo considerada “provada” no meio científico.

Uma hipótese é analisada diversas vezes para ser considerada uma teoria.

O problema: como fora deste contexto teoria e hipótese podem assumir significado semelhante, linhas de pensamento não científicas podem usar uma linguagem aparentemente científica. Assim nascem as chamadas pseudociências.

Mais importante: a diferença entre uma hipótese e uma teoria científicas mostra que o conhecimento não é estático e inabalável. As teorias são sustentadas por testes que verificam sua validade, mas este cenário pode mudar se houver uma hipótese científica alternativa.

Se os testes determinarem que a hipótese alternativa aponta falhas na teoria vigente, começa a busca por uma teoria revisada e melhorada.

Assim caminha a Ciência.